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Institut de Biologie StructuraleGrenoble / France

Sujets de stage M2

Pour 2017-2018, les sujets suivants ont été proposés à l’UFR de Chimie et Biologie (en cours de saisie) :

- Addressing biological function of proteins involved in protein import into mitochondria by an integrated structural biology approach (details), contact B.Bersch (IBS/NMR) - Parcours Integrative Structural Biology (ISB)

- Design of advanced fluorescent proteins for super-resolution fluorescence microscopy (details), contact D. Bourgeois (IBS/DYNAMOP) - Parcours Integrative Structural Biology (ISB)

- Visualising the assembly of MAPK cell signalling complexes using NMR spectroscopy (details), contact : M. Jensen (IBS/FDP), Parcours Integrative Structural Biology (ISB)

- Characterisation of the role of intrinsic conformational disorder in Measles virus replication machinery using NMR spectroscopy (details), contact : M. Blackledge (IBS/FDP) - Parcours Integrative Structural Biology (ISB)

- Chaperonin Interactions with Amyloidogenic proteins (details), contact : J. Boisbouvier (IBS/NMR) - Parcours Integrative Structural Biology (ISB)

- Analyse structurale du facteur de restriction viral Viperin (details), contact : P. Macheboeuf (IBS/EBEV) - Parcours Integrative Structural Biology (ISB)

- Structural characterization of Hantaan virus nucleocapsid (details), contact : H. Malet (IBS/MEM) - Parcours Integrative Structural Biology (ISB)

- Large complex structure determination using atomic force microscopy topography (details), contact : JL. Pellequer (IBS/MEM) - Parcours Integrative Structural Biology (ISB)

- Directed evolution of molecular decoys that block viral polymerase assembly (details), contact : D. Hart (IBS/VRM) - Parcours Integrative Structural Biology (ISB)

- Allosteric regulation studies of paleo enzymes (details), contact : D. Madern & E. Girard (IBS/ELMA) - Parcours Integrative Structural Biology (ISB)

- Interaction of beta-lactam antibiotics with penicillin-binding proteins from Streptococcus pneumoniae (details), contact : A. Zapun (IBS/PG) - Parcours Immunology, Microbiology, Infectious Diseases

- Functional and structural studies of a macromolecular complex involved in bacterial sporulation (details), contact : C. Morlot (IBS/PG) - Parcours Integrative Structural Biology (ISB) & Parcours Immunology, Microbiology, Infectious Diseases

- Teichoic acids and choline binding proteins at the cell surface of Streptococcus pneumoniae (details), contact : C. Durmort (IBS/PG) - Parcours Immunology, Microbiology, Infectious Diseases

- Studies of structure and dynamics of bacteriophage T5 tail by solution- and solid-state NMR spectroscopy (details), contact : P. Schanda (IBS/NMR) - Parcours Integrative Structural Biology (ISB)

- Characterization of a novel proteasome regulator (details), contact : B. Franzetti (IBS/ELMA) - Parcours Integrative Structural Biology (ISB)

- Structural and functional specificities of HSulf isoforms (details), contact : R. Vivès (IBS/SAGAG) - Parcours Integrative Structural Biology (ISB)

- Control of gene expression by gas-sensing iron-sulfur cluster proteins (details), contact : J. Fontecilla (IBS/METALLO) - Parcours Integrative Structural Biology (ISB)

- Radical chemistry and Natural compounds (details), contact : Y.Nicolet (IBS/METALLO) - Parcours Integrative Structural Biology (ISB)

- Structural and functional study of the FeFe-hydrogenase assembly machinery (details), contact : Y.Nicolet (IBS/METALLO) - Parcours Integrative Structural Biology (ISB)

- Structural study of metalloproteins in anaerobic conditions using electron microscopy (details), contact : M. Cherrier (IBS/METALLO) - Parcours Integrative Structural Biology (ISB)

- Structural analysis of a chromatin modifying complex (details), contact : J. Kadlec (IBS/EBEV) - Parcours Integrative Structural Biology (ISB)

- Analysis of different structural states of the DNA polymerase E9 of vaccinia virus (details), contact : W. Burmeister (IBS/VRM) - Parcours Integrative Structural Biology (ISB)

- Mass spectrometry-based sequencing of proteins using a MALDI-TOF/TOF instrument (details), contact E. Boeri (IBS/VIC) - Parcours Chemistry for Life Sciences (CLS)

- Etude du mécanisme radicalaire de la methyl-ornithine synthase (details), contact : M. Cherrier (IBS/METALLO) - Parcours Chemistry for Life Sciences (CLS)

- Protéiques à Fe-S Régulatrices du Métabolisme Bactérien (details), contact : M. Fontecilla-Camps (IBS/METALLO) - Parcours Chemistry for Life Sciences (CLS)

Pour 2017-2018, les sujets suivants ont été proposés par l’IBS au Pôle Santé de l’UGA pour le Master "Ingénierie pour la santé", Spécialité "Chimie Médicinale et Innovation Pharmacologique (CHIP)" :

- Etude de peptides inhibiteurs sur la formation de biofilms chez Providencia stuartii (details), contact : J. Lopes (IBS/DYNAMOP)
- Caractérisation des pompes à efflux impliquées dans la résistance aux antibiotiques chez Providencia stuartii , détails, contact :G. Tetreau (IBS/DYNAMOP)

Pour 2017-2018, les sujets suivants ont été proposés à l’UFR de Physique (en cours de saisie) :

- Comprendre l’évolution de l’allostérie dans une famille de déshydrogénase grâce à la structure d’enzymes ancestrales ressuscitées. (details), contact : D. Madern (IBS/ELMA)

Autres

Le Labex Gral propose des bourses de Master2 pour la rentrée 2017-2018. La liste des sujets proposés par l’IBS dans le cadre de ce programme est la suivante :

  • Isolation and study of the PAP nuclear complex - Robert Blanvillain
  • Analysis of the different structural states of the DNA polymerase E9 of vaccinia virus - Wim Burmeister
  • Physical interaction between epigenetic regulators involved in antagonistic histone modifications - Christel Carles & Gilles Vachon
  • Characterization of photosynthesis in green microalgae living in an extreme environment - Corinne Rivasseau
  • Characterization of the interaction between human Adenovirus of serotype 3 interactions and its Desmoglein 2 receptor - Fender Pascal
  • CK2 dysregulation in breast cancer : Impact on cancer-derived exosomes. - FILHOL-COCHET Odile
  • Viral rhodopsin type I - Valentin Gordeliy
  • Characterization of novel proteasome regulatory systems - B. Franzetti
  • Bacterial cell wall synthesis : reconstitution in vitro - André ZAPUN
  • In vitro and in planta characterisation of the transcription factor, SEPALLATA3, and ATPase remodeller complexes - Veronique HUGOUVIEUX
  • Mass spectrometry-based sequencing of proteins using a MALDI-TOF/TOF instrument - Elisabetta Boeri Erba
  • Deciphering the molecular bases of a newly discovered autosomal dominant disorder : what is the gain in function induced by patient mutation in C1r/s ? - GABORIAUD Christine
  • How tumor cells talk to endothelial cells : a study in 2D and 3D cell culture models - VILGRAIN Isabelle
  • Novel metalloproteases in DNA damage repair - Maxim BALAKIREV /Bruno FRANZETTI
  • Characterization of the organization of enzymes involved in heparan sulfate proteoglycan synthesis by super-resolution microscopy - Joel Beaudouin
  • Development of fluorescent proteins for quantitative super-resolution microscopy - Dominique Bourgeois
  • Defining the functional role of exosomal microRNAs in adrenocortical cancer cell aggressiveness - Nadia Cherradi
  • Native mass spectrometry as a tool to characterize ribonucleoprotein complexes - Fabienne HANS
  • Nuclear import of the HIV regulatory protein Tat : a structure/function study - Carlo Petosa
  • Breaking protein complexes controlling membrane architecture and remodelling processes during plasma membrane receptors endocytosis - FAUVARQUE Marie-Odile
  • Mechanism of assembly of rabies virus replication machine – understanding the fundamental principles and discovering new drug targets - JAMIN Marc
  • Targeting the cell wall of major pathogens for the development of new antibiotics - Andrea Dessen
  • Deciphering the molecular organisation of the “effero-synapse”, by super resolution microscopy (STORM) - Frachet Philippe
  • Structure/Function Relationships of radical SAM enzymes involved in the biosynthesis of antibiotics. - Yvain Nicolet
  • Towards engineering C1q functional facets using site-directed mutagenesis - Nicole Thielens
  • Harnessing the power of making flowers - François PARCY/ Gabrielle Tichtinsky
  • Regulation of heparan sulfate structure by biosynthetic and post-synthetic machineries - Yoan Monneau/Romain Vivès
  • Reconstruction of large complex structure determined with atomic force microscopy topography - JL PELLEQUER
  • Targeted mutagenesis of the deubiquitinating enzyme USP8 using the CRISPR-Cas9 technology - Emmanuel Taillebourg
  • Expression, purification, crystallization and functional characterization of APT, a phosphate transporter of Toxoplasma gondii - Eva Pebay-Peyroula
  • Structural studies of a human GABAA receptor - Hugues Nury
  • Visualisation of bacterial nanocompartments inside the cell - Irina Gutsche
  • Structure of a membrane protein complex by co-crystallisation with Lama nanobodies. - Cécile Breyton and Jérôme Dupuy

Les détails sur les sujets et pour l’inscription sont disponibles ici.