Groupe Flexibilité et Dynamique des Protéines par RMN

Personnel

Personnel permanent :

Martin Blackledge (E7 CEA)

Malene Ringkjøbing Jensen (CR2 CNRS)

Damien Maurin (Ingenieur CNRS)

Personnel contractuel :

Guillaume Communie (Doctorant)

Elise Delaforge (Etudiante M2)

Paul Guerry (Post doctorant)

Jie-rong Huang (Post doctorant)

Jaka Kragelj (Doctorant)

Luca Mollica (Post doctorant)

Valery Ozenne (Doctorant)

Robert Schneider (Post doctorant)

Présentation

Bienvenue sur la page web du groupe Flexibilité et Dynamique des Protéines de l’IBS, dirigé par Martin Blackledge.

La dynamique conformationelle des protéines gouverne l’activité biologique des protéines et par là même les processus essentiels à la vie. Le mouvement des protéines joue un role clef dans les interactions moléculaires, dans la stabilité thermodynamique des états fonctionnels, dans les processus de reconnaissance impliquant une transition d’un état non-structuré vers un état structuré, dans les phénomènes d’allostérie et de signalisation moléculaire, ou les mouvements corrélés peuvent servir de vecteur au transfert d’information entre des sites éloignés au sein d’une même protéine.

La Résonance Magnétique Nucléaire (RMN) constitue un outil de choix pour étudier de tels processus. Elle permet en effet de collecter, en phase liquide ou solide, une riche palette d’informations sur le mouvement local au sein de protéines aussi bien ordonnées que désordonnées.

Les thématiques de recherche du groupe se focalisent donc sur l’étude de la flexibilité conformationnelle des protéines dans leurs différentes formes et sur la compréhension du lien complexe qui peut exister entre le mouvement moléculaire et le fonctionnement ou le dysfonctionnement des protéines. Actuellement les thèmes de recherche concernent, en relation avec leur fonction biologique, aussi bien l’analyse à haute résolution du paysage énergétique lié aux modifications conformationnelles des protéines repliées que l’étude du comportement extrêmement flexible des protéines intrinsèquement désordonnées.

Mots clefs

Résonance Magnétique Nucléaire (RMN), flexibilité conformationnelle, protéine intrinsèquement désordonnée, dynamique des protéines, détermination de structure, repliement des protéines, dynamique fonctionnelle.

Publications clefs

Intrinsic disorder in measles virus nucleocapsids. M. R. Jensen, G. Communie, E. A. Ribeiro, N. Martinez, A. Desfosses, L. Salmon, L. Mollica, F. Gabel, M. Jamin, S. Longhi, R. W. H. Ruigrok and M. Blackledge. Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 108, 9839-9844 (2011).

Structure, dynamics, and kinetics of weak protein-protein complexes from NMR spin relaxation measurements of titrated solutions. L. Salmon, J. L. Ortega-Roldan, E. Lescop, A. Licinio, N. A. J. van Nuland, M. R. Jensen* and M. Blackledge*. Angew. Chem. 50, 3755-3759 (2011).

Structural biology : Proteins in dynamic equilibrium. P. Bernado and M. Blackledge. Nature 468, 1046-1048 (2010).

NMR characterization of long-range order in intrinsically disordered proteins. L. Salmon, G. Nodet, V. Ozenne, G. Yin, M. R. Jensen, M. Zweckstetter and M. Blackledge, J. Am. Chem. Soc. 132, 8407-8418 (2010).

Defining conformational ensembles of intrinsically disordered and partially folded proteins directly from chemical shifts. M. R. Jensen*, L. Salmon, G. Nodet and M. Blackledge*. J. Am. Chem. Soc. 132, 1270-1272 (2010).

Toward a unified representation of protein structural dynamics in solution. P. R. Markwick, G. Bouvignies, L. Salmon, J. A. McCammon, M. Nilges and M. Blackledge. J. Am. Chem. Soc. 131, 16968-16975 (2009).

Protein conformational flexibility from structure-free analysis of NMR dipolar couplings : quantitative and absolute determination of backbone motion in ubiquitin. L. Salmon, G. Bouvignies, P. Markwick, N. Lakomek, S. Showalter, D. W. Li, K. Walter, C. Griesinger, R. Bruschweiler and M. Blackledge. Angew. Chem. 48, 4154-4157 (2009).

Structure of tumor suppressor p53 and its intrinsically disordered N-terminal transactivation domain. M. Wells, H. Tidow, T. J. Rutherford, P. Markwick, M. R. Jensen, E. Mylonas, D. I. Svergun, M. Blackledge* and A. R. Fersht*. Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 105, 5762-5767 (2008).

Highly Populated Turn Conformations in Natively Unfolded Tau Protein Identified from Residual Dipolar Couplings and Molecular Simulation. M. D. Mukrasch, P. R. L. Markwick, J. Biernat, M. von Bergen, P. Bernado, C. Griesinger, E. Mandelkow, M. Zweckstetter and M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 129, 5235-5243 (2007).

Exploring Multiple Timescale Motions in Protein GB3 using Accelerated Molecular Dynamics and NMR. P. Markwick, G. Bouvignies and M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 129, 4724-4730 (2007).

Simultaneous Determination of Protein Structure and Dynamics using Residual Dipolar Couplings. G. Bouvignies, R. Bruschweiler and M. Blackledge. J. Am. Chem. Soc. 128, 15100-15101 (2006).

A structural model for unfolded proteins from residual dipolar couplings and small angle X-ray scattering. P. Bernado, L. Blanchard, P. Timmins, D. Marion, R. Ruigrok and M. Blackledge Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 102, 17002-17007 (2005)

(La consultation de l’ensemble des publications du groupe est possible ici).