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Contacts relatifs à cet article / NOIRCLERC Marjolaine / VERNET Thierry

RoBioMol

Présentation

La plate-forme RoBioMol, située au sein du Groupe Pneumocoque (ex-Laboratoire d’Ingénierie des Macromolécules) de l’Institut de Biologie Structurale, offre un accès « haut débit » aux procédés de biologie moléculaire grâce à l’utilisation d’automates. Les services actuels comprennent

  • le clonage de gènes dans une série de vecteurs d’expression brevetés
  • la mutagenèse dirigée
  • le test d’expression et de purification des protéines exprimées dans E. coli
  • la préparation automatisée de plasmides
  • le criblage de détergents pour la solubilisation et la purification de protéines membranaires (NOUVEAU)

Ces services sont accessibles pour un nombre de clonage / expression / criblage ≥ à 24 échantillons.
Les données sont traitées et gérées par l’intermédiaire d’un logiciel propriétaire (RoBioLIMS) spécialement développé pour la plate-forme par le CEA (GIPSE)

Mots clés

Clonage, mutagenèse dirigée, mini expression/purification de protéines recombinantes, chromatographie d’affinité, protéines membranaires, détergents, biologie moléculaire, automates de manipulation de liquides

Effectif

Equipement

  • Microlab Star Hamilton pour la réalisation de procédés de biologie moléculaire variés
  • BioRobot 8000 Qiagen pour la réalisation de procédés de biologie moléculaire variés
  • Nanovue GE Healthcare pour le contrôle de qualité des matrices
  • Incubateurs multi-tours HiGro à températures contrôlées pour des cultures microbiennes en grand nombre

Tous ces équipements sont maintenus et suivis de façon rigoureuse.

Accessibilité

Les services de la plateforme sont ouverts aux membres du PSB et aux académiques sous forme de services ou de collaborations associées à des demandes de financement.

Les partenaires industriels intéressés par ce type de prestation doivent contacter notre collaborateur industriel, la société PX Therapeutics.

Comment faire une demande ?

Contacter l’équipe RoBioMol pour présenter votre demande.

Après discussion et acceptation de votre demande, vous saisissez la commande sur RoBioNET. La validation du devis proposé par RoBioMol (signature des 2 parties) sera nécessaire pour débuter la campagne.

Contact et localisation

IBS-PG 7206

Echantillons

En fonction du service demandé, le gène destiné a être muté ou exprimé devra être fourni soit sous forme pré-cloné dans un vecteur (10 ng minimum/clonage) soit sous forme de matrice chromosomique (ex : ADN bactérien 100 ng/clonage).

La matrice d’ADN subira un contrôle qualité (détermination de la concentration et analyse sur gel d’agarose). En cas de non conformité le service sera retardé et le scientifique demandeur contacté.
Le risque biologique de l’échantillon devra être indiqué à chaque demande (L1, L2,...)

Les matrices seront renommées suivant une nomenclature propre à RoBioMol, stockée à -80°C et détruites à la fin du travail sauf si une demande contraire à été spécifiée dans le bon de commande.

Pour le service de criblage de détergents pour la solubilisation et la purification de protéines membranaires
Chaque lot de membrane devra être analysé préalablement par le demandeur, afin de vérifier la présence de la protéine d’intérêt (His-tag).

Rendu résultats

Dépend du type de service demandé

  • Clonage de gène ou mutagenèse : L’ADN plasmidique des clonages ou des mutants effectués ainsi qu’un rapport détaillé seront délivrés par RoBioMol.
  • Test d’expression et de purification de protéines : un rapport détaillé
  • préparation automatisée de plasmides : ADN plasmidique (80µL à 50ng/µL)
  • Criblage de détergents pour la solubilisation / purification de protéines membranaires : un rapport détaillé contenant les résultats de solubilisation et de purifications obtenus, analysés par SDS PAGE et /ou Western blot

Les plasmides contenant les gènes clonés ou mutés sont livrés en solution. Un rapport (doc. pdf) contenant un bilan des clonages/mutagenèse effectués, les résultats de séquençage et de tests d’expressions protéiques et les séquences complètes des vecteurs construits est transmis au client par e-mail.
Les plasmides produits et les rapports générés ne sont pas conservés après livraison auprès des clients

La validation des clonages ou mutagénèse est déterminée par séquençage. Une analyse du niveau d’expression des protéines recombinantes est faite par fractionnements subcellulaires suivis d’une migration sur gel SDS-PAGE, pour obtenir une estimation du niveau d’expression et de l’intégrité des protéines recombinantes.

Coût et délais

Toute demande fera l’objet d’un devis qui sera à valider par le demandeur avant toute analyse.

Le début et la durée des services (de 4 à 6 semaines pour clonage/mutagenèse, quelques jours pour criblage détergents) seront précisés pour chaque commande.

Suivi/valo

Après les analyses la plateforme reste disponible pour de plus amples informations et/ou une aide à la publication (Échanges par email ou téléphone, réunion/publication pour collaborations et développements)

RoBioMol demande à ses utilisateurs d’impliquer la plate-forme dans les publications de la façon suivante :

  • Activité service : Remerciements dans publication et présentation orale
  • Activité collaboration : Co-auteurs dans publication et présentation orale
  • Développement : Co-auteurs dans publication et présentation orale

Remerciements dans publication :
“We thank Violaine Lantez and Dr. Marjolaine Noirclerc-Savoye, from the IBS platform of the Partnership for Structural Biology and the Institut de Biologie Structurale in Grenoble (PSB/IBS), for the “gene cloning, site-directed mutagenesis, protein purification or Thermal Shift Assay experiments ; and Céline Charavay and Stéphane Segard (GIPSE, CEA, Grenoble) for the RoBioLIMS database development”.

Site web

Discussion du demandeur avec l’équipe RoBioMol nécessaire avant toute saisie de commande sur RoBioNET.
Si vous possédez déjà vos identifiants, accédez directement à RoBioNET
Demande identifiant/mot de passe à RoBioMol

Références

  • "Large scale purification of linear plasmid DNA for efficient high throughput cloning".
    M. Noirclerc-Savoye, B. Gallet, F. Bernaudat, T. Vernet. Biotechnology Journal (2010) 5(9):978-985
  • "Parallel screening and optimization of protein constructs for structural studies".
    R. Rasia, M. Noirclerc-Savoye, N. Bologna, B. Gallet, M. J. Plevin, L. Blanchard, J. Palatnik, B. Brutscher, T. Vernet and J. Boisbouvier Protein Science (2009) 18, 434-439
  • "Automation of high-throughput expression screening on His MultiTrap HP with vacuum elution using a Hamilton Liquid Handling Workstation".
    J. Lundqvist, B. Gallet, M. Noirclerc-Savoye and T. Vernet. Discovery Matters (2008), 14-15
  • "High throughput automated affinity purification of His-Tagged proteins with Ni Sepharose matrices on the MICROLAB® STAR".
    B. Gallet, T. Vernet and M. Noirclerc-Savoye. Life Science Robotics (2007)
  • "Automated high-throughput process for site-directed mutagenesis, production, purification, and kinetic characterization of enzymes".
    R. Carapito, B. Gallet, A. Zapun, T. Vernet. Analytical Biochemistry (2006) 355:110-6