Imagerie Cellulaire

Nouveautés

Aout 2010 : Après les modifications apportées aux roues des filtres, les blocs permettant l’acquisition de CFP et YFP sont maintenant disponibles.

Présentation

La station d’imagerie 3D/4D pour applications en épifluorescence est installée depuis janvier 2008. Elle est constituée d’un microscope inversé équipé notablement d’une chambre d’incubation à 37°C et d’une platine piezo-électrique permettant de réaliser des expériences d’imagerie cellulaire 3D résolues dans le temps. Elle permet également l’observation de cellules fixées. L’acquisition et le traitement des données est assuré par le logiciel Volocity installé sur le poste du microscope et sur un poste d’analyse dédié.

Mots clés

Microscopie ; DIC ; Epifluorescence ; 4D

Effectif

L’expertise scientifique et technique, ainsi que la gestion pratique de la plateforme sont assurées par les responsables (voir « contact et localisation »)

Equipement

La plateforme est constituée d’un microscope optique d’épifluorescence Olympus (IX81) équipé d’objectifs plan-apochromatiques 20x 40x et 60x à fortes ouvertures numériques, ainsi que d’un système de contraste interférentiel Nomarski (D.I.C : « Differential interference contrast »). Ce microscope inversé motorisé est installé dans une chambre d’incubation thermostatée à 37°C (Solent) afin de permettre l’observation de cellules vivantes. Le pilotage du microscope et le traitement du signal sont confiés au logiciel Volocity (Improvision, Perkin-Elmer). Une caméra haute sensibilité refroidie (12bits, 1,4Mpixels Retiga SRV, QImaging) est couplée à des roues de filtres d’excitation et d’émission qui permettent la permutation rapide entre les fluorophores (DAPI : 387/440nm ; GFP : 485/525nm ; Cy3 : 531/593nm ; TxRed : 562/624nm ; Cy5 : 650/684nm ; CFP : 416/472nm ; YFP : 501/542nm - voir le tableau des options techniques). Une platine motorisée équipée d’un insert surplatine piezoélectrique (Ludl) permet l’acquisition rapide de plans optiques (∆Zmin= 0,1µm) pour les reconstructions tridimensionnelles. Enfin, un poste informatique dédié à l’analyse (Volocity) est au service des utilisateurs pour le traitement des données (déconvolution/restauration et quantification).

Accessibilité

L’utilisateur confirmé a accès librement au microscope ainsi qu’à la station d’analyse d’image de la plateforme, sous réserve de suivre la formation préalable et d’avoir accepté les conditions générales d’utilisation. Dans le cas de projets plus complexes ou faisant appel à notre expertise (collaboration), nous pouvons assurer tout ou partie des analyses (observation et traitement des données).

Comment faire une demande ?

Via le formulaire en ligne. .

Contact et localisation

La plateforme est située à l’IBS, en pièce 7309 (LPC).

• Jean-Philippe Kleman
• Françoise Lacroix

Echantillons

Le microscope est dédié à l’observation de cellules Eucaryotes. Tout autre utilisation est prohibée, mais reste éventuellement possible sous réserve d’acceptation par les responsables. La plateforme dispose de protocoles consultables sur place pour l’élaboration optimale des échantillons. Une liste des consommables pour la culture cellulaire compatible avec la microscopie est également disponible.

Rendu résultat

Dans le cas général, les données brutes d’acquisition comme les données analysées, sont archivées au minimum 1 an sur les postes informatiques. Une copie de secours est réalisée automatiquement, mais la plateforme ne garantie pas la récupération des données en cas de dysfonctionnement. L’utilisateur est responsable de l’archivage final. Passé le délai de 1 an, les données peuvent être supprimées sans préavis. Dans le cadre des collaborations, la plateforme conserve les données brutes pour une durée pouvant aller jusqu’à 3 ans.

Coût

Les coûts directs d’utilisation du microscope (hors personnels et frais généraux) ne sont pas facturés aux utilisateurs du PSB. Ils s’élèvent à 60 euros par demi-journée. Pour les utilisateurs extérieurs, le coût sera déterminé en fonction des projets.

Suivi/valorisation

La plateforme aide les utilisateurs qui en font la demande dans les choix techniques (échantillons) ainsi que pour le traitement et l’analyse des données. Dans le cas général, les utilisateurs doivent citer la plateforme dans leurs publications : « We thank Françoise Lacroix and Jean-Philippe Kleman (Institut de Biologie Structurale, Grenoble) for the support and access to the Microscope Platform. » Les projets en collaboration impliquent que les responsables de la plateforme soient co-auteurs des articles publiés.

Site web

Un site web interne est accessible depuis les postes de l’IBS.