SPR (technologie Biacore)

Nouveautés

Depuis février 2010, le plateau technique met à disposition des utilisateurs un deuxième Biacore 3000.

Dans le cadre de sa structuration et de son amélioration continue, le plateau technique Biacore met actuellement en place une démarche qualité en vue d’une certification ISO 9001:2008.

Présentation

La technologie BIAcore permet d’étudier les interactions moléculaires en temps réel. L’appareil fonctionne sur le principe d’un biocapteur qui utilise la résonance plasmonique de surface (SPR) pour détecter des variations de masse à la surface d’une sensor chip sur laquelle une des molécules (le ligand) est immobilisée. L’autre molécule (l’analyte) est injectée par un système microfluidique dans un flux continu de tampon à la surface de la sensor chip. Le suivi de la variation de signal SPR en fonction du temps (sensorgramme) pour plusieurs concentrations d’analyte permet de déterminer les constantes cinétiques d’association et de dissociation, et d’en déduire la valeur de la constante d’affinité. Cette technologie permet également de mesurer la concentration en molécules fonctionnelles ainsi que la stoechiométrie d’interaction.

Elle s’applique à la caractérisation des interactions moléculaires impliquant les petites molécules et toutes les classes de macromolécules biologiques (protéines, polysaccharides, lipides et acides nucléiques). Par l’injection séquentielle de plusieurs interactants, elle permet de faire une cartographie des domaines d’interaction et de définir la composition et le mécanisme d’assemblage de complexes.

L’IBS dispose d’un plateau technique Biacore mettant à disposition 4 instruments. Les rubriques suivantes décrivent le fonctionnement et l’utilisation de ce plateau.

Mots clés

Interactions moléculaires, résonance plasmonique de surface

Effectif

L’expertise scientifique et technique, ainsi que la gestion pratique de la plateforme sont assurées par :

Responsable : Nicole Thielens

Gestion : Isabelle Bally

Equipement

• 2 Biacore 3000 : injections automatiques, 4 pistes en simultané
• 1 Biacore X : injection manuelle, 2 pistes en simultané
• 1 Biacore 1000 : injections automatiques, 4 pistes individuelles

Les Biacores X et 3000 sont sous contrat de maintenance : 2 à 3 visites annuelles sont effectuées par un technicien spécialisé. Le Biacore 1000 est sous contrat de maintenance curative uniquement. Les postes informatiques sont infogérés par le biais du CEA.

Accessibilité

• ouvert aux académiques sous forme de collaboration avec un utilisateur de l’IBS.
• ouvert aux industriels sous forme de service et selon disponibilité des instruments.

Contact et localisation

La plateforme est située à l’IBS, en pièce 6336 (LEM)

Isabelle Bally

Nicole Thielens

Utilisation du plateau technique

Tout nouveau collaborateur doit contacter Nicole Thielens. Une rencontre préalable est nécessaire pour discuter des conditions expérimentales et du planning d’utilisation afin de définir la meilleure stratégie à adopter pour la conduite de l’étude.

Tout nouvel utilisateur recevra une formation et s’engagera à accepter les conditions générales d’utilisation et à suivre les consignes d’utilisation.

Les utilisateurs confirmés ont accès aux appareils en s’inscrivant sur les plannings pièce 6336 sous réserve d’avoir suivi la formation et d’avoir accepté les conditions générales d’utilisation.

Les personnels du plateau sont disponibles pour les utilisateurs pendant toute la durée d’utilisation des machines pour tous conseils et assistance.

Traitement des données

Chaque utilisateur est en charge d’analyser ses résultats grâce au logiciel BiaEval disponible sur chaque appareil. Une exportation des données au format texte est possible pour une analyse ultérieure avec un autre logiciel. Les deux appareils Biacore 3000 sont connectés au réseau interne de l’IBS pour faciliter l’impression et la sauvegarde des résultats. Le Biacore X est relié en local à une imprimante sur place.

Chaque utilisateur doit enregistrer ses données en fin de manipulation. Dans le cas général, les données brutes d’acquisition sont conservées pendant 1 an sur les postes informatiques. La plateforme ne garantit pas la récupération des données en cas de dysfonctionnement. L’utilisateur est responsable de l’archivage final. Passé le délai de 1 an, les données peuvent être supprimées sans préavis.

Coût

Chaque utilisateur fournit ses sensor chips et ses tampons ; il participe à l’achat des consommables communs au prorata du temps d’utilisation. Un devis détaillé sera fourni aux industriels en fonction de leur demande.

Suivi/Valorisation

Le personnel de la plateforme aide les utilisateurs qui en font la demande dans les choix techniques (tampons, sensor chip…) ainsi que pour le traitement et l’analyse des données.

Dans le cas général, les utilisateurs doivent citer la plateforme dans leurs publications : “We thank Isabelle Bally and Nicole Thielens, from the IBS platform of the Partnership for Structural Biology and the Institut de Biologie Structurale in Grenoble (PSB/IBS), for assistance and access to the Biacore facility”.

Les projets en collaboration impliquent que les responsables de la plateforme soient co-auteurs des articles publiés.

Site Web

• Site Web de la société Biacore (filiale de GE Healthcare)

• Catalogue des réactifs et consommables Biacore

GE Healthcare Europe GmbH

Parc Technologique

Rue René Razel

Saclay

91898 Orsay Cedex, France.

Publications / Références

Généralités sur la technologie Biacore

Homola J. Surface plasmon resonance sensors for detection of chemical and biological species. Chem. Rev. 2008 ; 108:462-93.

Karlsson R., Katsamba P.S., Nordin H., Pol E., Myszka D.G. Analyzing a kinetic titration series using affinity biosensors. Anal. Biochem. 2006 ; 349:136-47.

Karlsson R., Larsson A. Affinity measurement using surface plasmon resonance. Methods Mol. Biol. 2004 ; 248:389-415.

Karlsson R. SPR for molecular interaction analysis : a review of emerging application areas. J. Mol. Recognit. 2004 ; 17:151-61.

Publications (travaux réalisés avec les appareils Biacore de la plateforme IBS)

Rossi V., Bally I., Ancelet S., Xu Y., Frémeaux-Bacchi V., Vivès R.R., Sadir R., Thielens N., Arlaud G.J. (2010) Functional characterization of the recombinant human C1 inhibitor serpin domain : insights into heparin binding. J. Immunol. 184, 4982-4989.

Gout E., Garlatti V., Smith D.F., Lacroix M.M., Dumestre-Perard C., Lunardi T., Martin L., Cesbron J.-Y., Arlaud G.J., Gaboriaud C., Thielens N.M. (2010) Carbohydrate recognition properties of human ficolins : Glycan array screening reveals the sialic acid binding specificity of M-ficolin. J. Biol. Chem. 285, 6612-6622.

Lacroix M., Dumestre-Pérard C., Schoehn G., Houen G., Cesbron J.-Y., Arlaud G.J., Thielens N.M. (2009) Residue Lys57 in the collagenous region of human L-ficolin and its counterpart Lys47 in H-ficolin play a key role in the interaction with the MASPs and the collectin receptor calreticulin. J. Immunol. 182, 456-465.

Baleux F., Loureiro-Morais L., Hersant Y., Clayette P., Arenzana-Seisdedos F., Bonnaffé B. Lortat-Jacob H.(2009) A synthetic CD4-HS glycoconjugate inhibits both CCR5 and CXCR4 HIV-1 attachment and entry. Nat. Chem. Biol. 5, 743-748.

Gras S., Saulquin X., Reiser J.-B., Debeaupuis E., Echasserieau K., Kissenpfennig A., Legoux F., Chouquet A., Le Gorrec M., Machillot P., Neveu B., Thielens N., Malissen B., Bonneville M., Housset D. (2009) Structural bases for the affinity driven selection of a public TCR against a dominant human cytomegalovirus epitope. J. Immunol. 183, 430-437.

Crublet E., Andrieu J.-P., Vivès R.R., Lortat-Jacob H. (2008) The HIV-1 envelope glycoprotein gp120 features four heparan sulfate binding domains, including the coreceptor binding site. J. Biol. Chem. 283, 15193-15200.

Attali C., Frolet C., Durmort C., Offant J., Vernet T., Di Guilmi A.M : (2008) Streptococcus pneumoniae choline-binding protein E interaction with plasminogen/plasmin stimulates migration across the extracellular matrix. Infect. Immun. 76, 466-476.

Sattin S., Daghetti A., Thepaut M., Berzi A., Sánchez-Navarro M., Tabarani G., Rojo J., Fieschi F., Clerici M., Bernardi A.(2010) Inhibition of DC-SIGN-mediated HIV infection by a linear trimannoside mimic in polyvalent presentation ACS Chemical Biology 5, 301-312.

Timpano G., Tabarani G., Anderluh M., Invernizzi D., Vasile F., Potenza D., Nieto P., Rojo J., Fieschi F., Bernardi A. (2008) Synthesis of novel DC-SIGN ligands with an ?-fucosylamide anchor ChemBioChem, 9, 1921-30.