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Institut de Biologie StructuraleGrenoble / France

Décryptage par spectroscopie d’échange RMN de la dynamique d’une protéine intrinsèquement désordonnée dans un complexe

Les protéines intrinsèquement désordonnées (PIDs) sont dépourvues de structure tridimensionnelle et sont fonctionnelles dans leur état désordonné. Leur grande flexibilité leur permet de s’adapter facilement à la surface de leurs partenaires et elles sont capables de se replier lors d’une interaction. Dans certains cas, elles peuvent même former un complexe « flou », dans lequel la PID n’adopte pas une seule conformation définie sur la surface du partenaire, mais continue à échantillonner plusieurs conformations dans un complexe hautement dynamique.
Le groupe FDP de l’IBS, en collaboration avec des chercheurs de l’IAB (Grenoble) et l’ENS (Paris), a réussi à obtenir une description à résolution atomique de la dynamique d’une PID sur la surface de son partenaire en utilisant des techniques d’échange par spectroscopie de résonance magnétique nucléaire. Ils ont appliqué cette approche au complexe de signalisation formé par la protéine kinase MAPK p38α et son domaine de régulation intrinsèquement désordonné MKK4. L’étude démontre que MKK4 utilise une combinaison de modes d’interaction pour se lier à p38α, conduisant à un complexe affichant des dynamiques significativement différentes entre les régions liées. Les résultats montrent comment les PIDs peuvent s’engager dans des interactions très spécifiques sans présenter une forte affinité de liaison.

Deciphering the Dynamic Interaction Profile of an Intrinsically Disordered Protein by NMR Exchange Spectroscopy. Delaforge E, Kragelj J, Tengo L, Palencia A, Milles S, Bouvignies G, Salvi N, Blackledge M, Jensen MR. Journal of the American Chemical Society ;140(3):1148-1158