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Institut de Biologie StructuraleGrenoble / France

Contacts relatifs à cet article / CLAVEL Damien

Equipe icOS (A. Royant)

mise à jour 2019/02/18

Membres

  • Permanents :
    Antoine Royant (DR2 CNRS)
    Martin Byrdin (scientifique CEA)
    Philippe Jacquet (AI CNRS)
    Jérôme Dupuy (MCF UGA)
  • Non-permanents :
    Janek Bzdrenga (post-doctorant)
    Sylvain Aumonier (doctorant)
    Kevin Duarte (étudiant de Master 2)
  • Les anciens :
    Guillaume Gotthard 2014 - 2019
    Damien Clavel 2013 - 2017
    Céline Lafaye 2012-2015
    Maxime Terrien 2011 - 2014
    Gaëlle Batot 2010-2013
    David von Stetten 2010-2013

Présentation

Nous étudions différents types de protéines fluorescentes en combinant biologie structurale et différentes techniques biophysiques dans le but d’identifier des voies d’améloriation de leur propriétés de fluorescence par mutagenèse dirigée. Ces protéines fluorescentes peuvent être du type GFP (mTurquoise2, mNeonGreen, mScarlet), basées sur les phytochromes (IFP2.0, iBlueberry) ou basées sur des flavoprotéines (miniSOG, qui présentent deux modalités : la fluorescence et la capacité à générer des espèces réactives de l’oxygène).

L’équipe apporte aussi un support opérationnel à la plateforme "in crystallo Optical Spectroscopy", qui est localisée à l’ESRF. Voir : http://www.esrf.eu/home/UsersAndScience/Experiments/MX/icOS.html

Mots clés

spectroscopie optique in crystallo, cristallographie aux rayons X, cristallographie cinétique, cristallographie résolue dans le temps, protéines fluorescentes, dynamiques et mécanismes protéiques, méthodologie.

Publications importantes

Tailing miniSOG : structural bases of the complex photophysics of a flavin-binding singlet oxygen photosensitizing protein. Torra J, Lafaye C, Signor L, Aumonier S, Flors C, Shu X, Nonell S, Gotthard G, Royant A. Sci. Rep. 9:2428 (2019)

Tracking the route of molecular oxygen in O2-tolerant membrane-bound [NiFe] hydrogenase. Kalms J, Schmidt A, Frielingsdorf S, Utesch T, Gotthard G, von Stetten D, van der Linden P, Royant A, Mroginski MA, Carpentier P, Lenz O, Scheerer P. Proc. Natl Acad. Sci. USA 115, E2229-E2237 (2018)

Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis. Rodrigues M, Windeisen V, Zhang Y, Guedez G, Weber S, Strohmeier M, Hanes J, Royant A, Evans G, Sinning I, Ealick S, Begley T, Tews I. Nat. Chem. Biol. 13, 290-294 (2017)

Precision optogenetic tool for selective single- and multiple-cell ablation in a live animal model system. Makhijani K, To T-L, Ruiz-González R, Lafaye C, Royant A, Shu X. Cell Chem. Biol. 24, 110-119 (2017)

mScarlet : a bright monomeric red fluorescent protein for cellular imaging. Bindels D S, Haarbosch L, van Weeren L, Postma M, Wiese K E, Mastop M, Aumonier S, Gotthard G, Royant A, Hink M & Gadella T W Jr (2017) Nat. Methods 14 (53-56)
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A three-dimensional movie of structural changes in bacteriorhodopsin. Nango E, Royant A, Kubo M, Nakane T, Wickstrand C, Kimura T, Tanaka T, Tono K, Song C, Tanaka R, Arima T, Yamashita A, Kobayashi J, Hosaka T, Mizohata E, Nogly P, Sugahara M, Nam D, Nomura T, Shimamura T, Im D, Fujiwara T, Yamanaka Y, Jeon B, Nishizawa T, Oda K, Fukuda M, Andersson R, Båth P, Dods R, Davidsson J, Matsuoka S, Kawatake S, Murata M, Nureki O, Owada S, Kameshima T, Hatsui T, Joti Y, Schertler G, Yabashi M, Bondar AN, Standfuss J, Neutze R, Iwata S (2016) Science ; 354(6319):1552-1557
>>IBS highlight
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Structural analysis of the bright monomeric yellow-green fluorescent protein mNeonGreen obtained by directed evolution. Clavel D, Gotthard G, von Stetten D, De Sanctis D, Pasquier H, Lambert G G, Shaner N C, and Royant (2016) Acta Cryst. D 72, 1298-1307

Structural Determinants of Improved Fluorescence in a Family of Bacteriophytochrome-Based Infrared Fluorescent Proteins : Insights from Continuum Electrostatic Calculations and Molecular Dynamics Simulations. Feliks M, Lafaye C, Shu X, Royant A, Field M. (2016) Biochemistry 55 (31)

In crystallo optical spectroscopy (icOS) as a complementary tool on the macromolecular crystallography beamlines of the ESRF. von Stetten D, Giraud T, Carpentier P, Sever F, Terrien M, Dobias F, Juers D H, Flot D, Mueller-Dieckmann C, Leonard G A, de Sanctis D & Royant A (2015). Acta Cryst. D 71, 15-26

Direct evidence for a peroxide intermediate and a reactive enzyme-substrate-dioxygen configuration in a cofactor-free oxidase. Bui S, von Stetten D, Jambrina PG, Prangé T, Colloc’h N, de Sanctis D, Royant A, Rosta E, Steiner RA. (2014) Angew Chem Int Ed Engl. 53 (50).

An improved monomeric infrared fluorescent protein for neuronal and tumour brain imaging. Yu D, Gustafson WC, Han C, Lafaye C, Noirclerc-Savoye M, Ge W P, Thayer D A, Huang H, Kornberg T B, Royant A, Jan LY, Jan Y N, Weiss W A, Shu X. (2014) Nat Commun. 5:3626

Structure-guided evolution of cyan fluorescent proteins towards a quantum yield of 93%. Goedhart J, von Stetten D, Noirclerc-Savoye M, Lelimousin M, Joosen L, Hink M A, van Weeren L, Gadella T W Jr, Royant A. (2012) Nat Commun. 3:751
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Equipe icOS (Royant A.)

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