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Institut de Biologie StructuraleGrenoble / France

Contacts relatifs à cet article / FAVIER Adrien

Librairie de séquences d’impulsions RMN

Outils facilitant la mise en place et le partage d’expériences de RMN biomoléculaires sur les spectromètres BRUKER.

Présentation

Les scripts et les séquences d’impulsions proposées ont été développées dans le but d’atteindre les objectifs suivants :

- Il permet aux utilisateurs de spectromètres RMN d’enregistrer des expériences complexes d’une manière automatisée. L’utilisateur sélectionne les expériences simplement en cliquant sur un boutton, il lui est ensuite demandé de définir seulement quelques paramètres pertinents et peut directement démarrer l’expérience en tapant zg.

- Les paramètres de forme d’impulsion (longueur d’impulsion, niveau de puissance et décalage en fréquence) sont calculés à l’intérieur de la séquence d’impulsions. Si nécessaire, les paramètres spectroscopiques pertinents (centre des impulsions et largeurs d’excitation en ppm) sont rendues accessibles aux utilisateurs via des constantes.

- L’utilisation de ce module permet à l’utilisateur d’enrichir cette librairie de ses propres expériences et de les partager avec l’ensemble de la communauté de RMN.

Comment ça marche ?

Pour chaque expérience, nous utilisons un script python qui exécute les étapes suivantes :

- Il lit un jeu de paramètres HNCO standard qui est utilisé pour définir le bon routage du spectromètre.
- La séquence d’impulsions correspondante est chargée.
- Les paramètres d’acquisition sont définis.
- Les paramètres de traitement sont définis.
- Les paramètres de découplage (puissance, durée d’impulsion) pendant l’acquisition sont définis automatiquement si nécessaire.
- Certains contrôles de sécurité peuvent également etre exécutés.

Point important : La macro getallprosol permet de définir les longueurs d’impulsions haute puissance 1H, 15N et 13C et doit être exécutée une fois avant la mise en place toute expérience de la bibliothèque. Les scripts python récupérent ces valeurs automatiquement.
Pour les expériences utilisant le fichier de relation triple, getallprosol exécute commande prosol avec les arguments 13C de 15N.
par exemple :
Getprosol 1H 9 10W 15N 30 300W 13C 12 200W

Calibration automatique des impulsions 1H, 15N et 13C

Le menu CALIBRATION permet de calibrer automatiquement les longueurs d’impulsions haute puissance 1H, 15N et 13C et de les stocker sur le disque.

Séquences d’impulsions et impulsions modulées (shapes)

Les paramètres des impulsions modulées (longueur d’impulsion, puissance et décalages de fréquence) sont calculés à l’intérieur de la séquence d’impulsions. Si nécessaire, les paramètres spectroscopiques pertinents (décalage de fréquence et largeurs d’exitation en ppm) sont rendues accessibles aux utilisateurs via des constantes.

Note : nous utilisons un fichier de relation prosol réduit qui ne définit que les niveaux de haute puissance (plw1, plw2, plw3, ...) et les longueurs d’impulsion 90° correspondantes (P1, P3, P21).

Installation facile

Il faut configurer une expérience HNCO et écrire le jeu de paramètres avec le nom HCN ; wpar HCN all (à exécuter sur chaque spectromètre)

- Télécharger l’archive en utilisant le formulaire plus bas.
- Décompressez l’archive sur un point de montage NFS si vous souhaitez la partager entre plusieurs spectromètres.
- Exécuter le script python d’installation à partir d’un terminal.
- Mettre à jour les chemins d’accès vers les scripts python et les séquences d’impulsion.
- Redémarrer le logiciel topspin.
- À partir de la ligne de commande de topspin, exécuter : edpy IBS_lib_setup (à exécuter sur chaque spectromètre).
- Vous serez en mesure de naviguer et d’exécuter les expériences de notre bibliothèque en cliquant sur le bouton "templates IBS".

commandes shell correspondantes :

cd (mon point de montage NFS)
unzip archive.zip
cd IBS_templates
python setup.py

Comment créer mes propres templates

Il suffit de cliquer sur le bouton "TemplateMaker" et de remplir les champs ...

Comment créer mes propres boutons facilement ?

edpy ButtonMaker et ajoutez vos propres scripts python ...

Test de la bibliothèque

Vous pouvez tester la bibliothèque sur votre protéine en exécutant automatiquement une grande série d’expériences en 1D, 2D ou 3D.

Clause de non-responsabilité

Toutes les séquences d’impulsions et scripts python ont été testés sur des spectromètres Bruker Avance III HD avec le logiciel d’acquisition topSpin version 3.2. Les auteurs ne sont pas responsable de toute perte ou dommage découlant de l’utilisation de ce logiciel.

Contacts

Ces outils ont été développés à l’Institut de Biologie Structurale (IBS) à Grenoble.
Envoyez vos commentaires et suggestions à Bernhard Brutscher , Adrien Favier ou Sergio Caballero Gil.

Download
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