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Institut de Biologie StructuraleGrenoble / France

SculptorCNS

Structure Calculation Using Long-range, Paramagnetic, Tensorial and Orientational Restraints

Présentation

Nous présentons une nouvelle suite de programmes, comprenant des représentations fonctionnelles des contraintes structurales à longue portée en forme de potentiels hybrides explicites, inclus dans une fonction d’énergie totale d’un programme de dynamique et modélisation moléculaire :

- Couplages dipolaires résiduels
- Déplacement chimique résiduel
- Couplages dipolaires résiduels paramagnétiques
- Déplacement chimique paramagnétiques
- Relaxation croisée Curie-dipole
- R2/R1 Relaxation

Sculptor a été écrit explicitement pour permettre une flexibilité maximale dans le développement des algorithmes de recherche conformationnelle par contraintes structurales à longue portée. Beaucoup de ces interactions dépendent des tenseurs de rang deux (tenseurs d’alignements, de susceptibilité magnétique ou de diffusion rotationnelle), et une attention particulière est accordée au traitement de ce type de tenseurs dans ce programme.

Le programme était écrit originalement en interface avec le programme Discover, et il a été ensuite entièrement réécrit, et mis à jour pour inclure les derniers développements. Il est ici inclus dans le programme CNS version 1.2, et SculptorCNS est distribué gratuitement pour les utilisateurs académiques.

Le programme est livré avec des exemples de protocoles et de données, et il est entièrement documenté.

L’utilisation du programme doit être référencée comme suit :

SculptorCNS : Biomolecular Structure Determination and Refinement in Solution from NMR Residual Dipolar Couplings, Paramagnetic Phenomena and Spin Relaxation Data. Céline Charavay, Jean-Paul Eynard, Jean-Christophe Hus, Guillaume Bouvignies and Martin Blackledge. In Preparation (2008)

Contact : SculptorCNS at ibs.fr

Documentation

Vous pouvez décharger la documentation complête de ce programme ici.

CNIL

Aucune information personnelle n’est collectée à votre insu, aucune information personnelle n’est cédée à des tiers, aucune information personnelle n’est utilisée à des fins non prévues. Déclaration CNIL n° 1572130 Conformément à la loi n° 78-17 du 6 janvier 1978, relative à l’Informatique, aux Fichiers et aux Libertés, vous disposez d’un droit d’accès et de rectification des informations nominatives vous concernant. Vous pouvez l’exercer en vous adressant à : Institut de Biologie Structurale J.P. Ebel, 41, rue Jules Horowitz F-38027 GRENOBLE Cedex 1

L’utilisateur trouvera des informations sur ses droits et devoirs et sur la protection des données individuelles sur le site de la Commission Nationale Informatique et Libertés (www.cnil.fr)

Programme et droits de reproduction et de diffusion

Avant de decharger le programme, vous devez prendre connaissance de la licence.

Si vous acceptez ces conditions, déchargez le programme :
-  version for CNS 1.2 on PC/Linux

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-  version for CNS 1.21 on PC/Linux

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