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Institut de Biologie StructuraleGrenoble / France

Contacts relatifs à cet article / Marion Dominique

Transformation de Fourier non-linéaire de données RMN enregistrées sur une grille non-cartésienne

Présentation

Dans le domaine de la RMN biologique, une recherche très active concerne les méthodes minimisant les durées d’enregistrement des spectres. Les nombreux spectres multidimensionnels qui servent à attribuer les spectres et à obtenir des informations structurales, nécessitent typiquement des journées et des semaines de temps instrumental. L’arrivée d’aimants à plus haut champ exige des échantillonnages plus rapides (largeur spectrale plus grande) mais aussi un plus grand nombre de points expérimentaux (meilleure résolution spectrale). Dans le but de réduire le temps expérimental, plusieurs équipes de recherche ont proposé des solutions alternatives à une acquisition cartésienne standard (expériences à dimensionnalité réduite), solutions qui ne peuvent malheureusement pas être traitées par une simple transformation de Fourier rapide (FFT). Ces nouvelles techniques ont aussi comme inconvénient la présence d’artéfacts dans le domaine des fréquences qui peuvent être confondus avec des signaux par un utilisateur inexpérimenté ou un programme automatique de recherche de pics. Plus récemment, des techniques d’échantillonnage aléatoire ont été proposées pour éliminer les artéfacts systématiques.
Les données obtenues grâce à ces schémas non standard peuvent être traitées avec des algorithmes itératifs (tels que la reconstruction par entropie maximale ou la décomposition sur trois axes) qui nécessitent une bonne expertise pour obtenir des données correctes. Nous avons montré récemment qu’une version modifiée de la transformée de Fourier (un algorithme non itératif) pouvait être utilisée sans nécessiter la mise au point laborieuse des paramètres de traitement. Une suite de logiciels pour créer les délais d’acquisition et traiter les données en conjonction avec nmrPipe est décrite ici. Les programmes ont été compilés pour les plateformes suivantes : Linux et Mac OS (10.4)

Référence :
Pannetier N, Houben K, Blanchard L, Marion D.
J Magn Reson. 2007 186 : 142-149
Optimized 3D-NMR sampling for resonance assignment of partially unfolded proteins.

Programme et droits de reproduction et diffusion

Programme NonLinearFT Version 1.0 Jan 2007 Droits de reproduction et de diffusion réservés. ©CEA/CNRS/UJF/Laboratoire de Résonance Magnetique Nucléaire IBS 2007

Le programme NonLinearFT est sous copyright et a été développé par Nicolas Pannetier et Dominique Marion au Laboratoire de Résonance Magnétique Nucleaire à l’Institut de Biologie Structurale - Jean-Pierre Ebel à Grenoble (CEA - CNRS - UJF).

La license est gratuite pour les sites académiques et pour une utilisation non commerciale. L’utilisation de ce programme est permise dans les conditions suivantes : L’utilisation de ce programme est restreinte à l’individu, au laboratoire ou à l’organisation auxquels il a été fourni. Cet individu, laboratoire ou organisation peut faire des copies sans limite du programme pour la sauvegarde ou pour faire tourner le programme sur n’importe quel ordinateur de l’institution hôte. Tout autre usage, notamment la mise en réseau, la diffusion à des fins commerciales du logiciel, sous une forme quelconque, est soumise à l’autorisation préalable et expresse de l’Institut de Biologie Structurale. Toute décompilation, ingénierie inverse, modification ou tout acte visant à déterminer l’architecture du programme NonLinearFT est formellement interdite. Aucun logiciel n’est exempt d’erreurs. Donc, le programme NonLinearFT est fourni en l’état et les auteurs du programme déclinent toute responsabilité quelle quelle soit, et n’offrent aucune garantie, expresse ou implicite,quant aux dommages, directs ou indirects, qui pourraient résulter du téléchargement, de l’utilisation du programme et de l’exploitation des résultats qui en seraient issus. Les utilisateurs du programme assumeront donc seuls les aléas, risques et périls liés à cette utilisation. Si des résultats obtenus avec le programme NonLinearFT sont publiés sur quelque support que ce soit, notamment dans la littérature, le programme devra être référencé ainsi : Pannetier N, Houben K, Blanchard L, Marion D. J Magn Reson. 2007 Optimized 3D-NMR sampling for resonance assignment of partially unfolded proteins. .

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