AFM-Assembly est une suite de scripts et programmes qui permettent d’assembler des structures tridimensionnelles (format PDB) sous la contrainte expérimentale de la surface topographique d’une molecule d’intérêt.
AFM-Assembly permet de réaliser la transition entre une imagerie de particules uniques et isolées a haute-resolution par AFM et l’assemblage tridimensionnelle de molecules au niveau atomique.
Certes, la resolution d’une surface topographique AFM n’est pas suffisante pour contraindre directement le positionnement d’atomes/résidus a partir d’une surface topographique. En revanche, il est tout a fait possible d’assembler différents morceaux d’une structure, ou d’un complexe, a partir de fichiers PDB, le tout sous une contrainte expérimentale de molecules uniques.
La grande difference entre l’imagerie AFM et les microscopies électroniques est l’unique rapport signal/bruit d’une topographie d’AFM qui permet de "voir" la conformation globale d’une seule molecule (avec une resolution pratique du nm).
AFM-Assembly a été initialement développé par Minh-hieu Trinh et étendu dans sa forme actuelle par Rui M. Chaves pour le fitting etl’assemblage.