Alors que les vaccins ciblent les mécanismes moléculaires responsables de l’entrée du SARS-Cov-2 dans la cellule via la protéine Spike, il est tout aussi important de cibler la machinerie de réplication virale chez les patients déjà infectés par le virus. Or la machinerie de réplication du génome du SARS-Cov-2, le virus responsable de la Covid-19, présente des cibles importantes mais largement inexploitées.
Des chercheurs de l’IBS (Groupe Flexibilité et Dynamique des Protéines par RMN) ont focalisé leur attention sur la nucléoprotéine (N), la protéine la plus abondante du virus, qui protège le génome du virus contre le système immunitaire de la cellule infectée, et constitue un composant essentiel de la machinerie de réplication. Malgré son importance, cette protéine reste peu caractérisée, en raison de sa nature hautement flexible. Cette étude utilise la spectroscopie RMN pour déterminer le structure et dynamique de cette protéine, et décrit pour la première fois son interaction avec la protéine virale nsp3a à une résolution atomique. Cette interaction, qui semble localiser la protéine N au site de production du génome viral, est essentielle pour la réplication du virus.
L’interaction avec nsp3a implique deux motifs linéaires dans le domaine intrinsèquement désordonné de la protéine N, qui s’engagent mutuellement sur la surface de nsp3a pour replier le domaine désordonné autour du partenaire. Il en résulte un collapse substantiel des dimensions de N, les deux protéines formant un assemblage moléculaire très compact, mais toujours dynamique.
Cette étude permet de mieux comprendre le mécanisme de réplication du virus et ouvre la voie au développement de nouvelles stratégies contre la Covid-19, par exemple par inhibition de cette interaction importante pour la réplication virale. Communiqué de presse.
The intrinsically disordered SARS-CoV-2 nucleoprotein in dynamic complex with its viral partner nsp3a, Science Advances ;8(3):eabm4034. doi : 10.1126/sciadv.abm4034
Contact : Martin Blackledge, chercheur CEA de l’IBS (Groupe Flexibilité et Dynamique des Protéines par RMN)