Soutenance de thèse : Développement d’inhibiteurs peptidiques du virus de la grippe

Par Benoît Separi​ (IBS/Groupe Machines de Réplication Virale)

La grippe saisonnière cause la mort de centaines de milliers d’individus chaque année, tandis que les souches zoonotiques provoquent régulièrement de graves pandémies. Le haut taux de mutation du génome viral limite l’utilisation d’antiviraux ciblant directement influenza, il est donc nécessaire de développer de nouvelles molécules ciblant des mécanismes viraux ou cellulaires différents et ayant un faible potentiel de mutation. Les antiviraux dirigés contre l’hôte ne cible pas le virus mais plutôt des protéines de l’hôte nécessaires à la réplication du virus, ainsi, l’apparition de résistance est beaucoup moins probable. Nous avons donc développé des peptides qui bloquent l’assemblage d’un complexe protéique accessoire du spliceosome humain. Ce complexe est essentiel pour le prolifération du virus car il catalyse l’épissage des ARNs pré-messagers du segment NS en ARNm codant pour les protéines NS1 et NEP. Ce complexe protéique comprend les protéines RED et SMU1, interagissant directement avec la polymérase virale. La rupture de l’interaction entre RED et SMU1 inhibe l’épissage des pré-ARNm de NS, sans qu’aucun effet sur la viabilité cellulaire ne puisse être détecté. Des bibliothèques de 10^8 peptides différents ont été conçues, en étudiant la structure du complexe RED-SMU1 sauvage et en imitant un domaine de fixation naturel de RED. Les peptides les plus affins pour SMU1 ont été sélectionnés par phage display. Des peptides supplémentaires ont également été générés par une approche bioinformatique utilisant un neural network. Les peptides les plus prometteurs ont été caractérisés par ELISA et NGS, puis des méthodes biophysiques, structurales et cellulaires ont permis d’identifier des peptides ayant une affinité de l’ordre du nanomolaire pour SMU1 tout en présentant des motifs différents.​