Adepth : Une méthode pour mesurer la profondeur des atomes dans les protéines

La profondeur des atomes dans une macromolécule est obtenu par l’approche de la fonction de distance signée (SDF). Les calculs des valeurs SDF sont effectués sur des points d’une grille dans une boîte rectangulaire contenant la macromolécule. La profondeur d’un atome dans la molécule est obtenue à la suite d’une interpolation trilinéaire des valeurs de SDF au point de grille le plus proche. Le concept théorique et le développement informatique ont été réalisés par Wendy Chen.
Chen S.-w.W. and Pellequer J.-L. (2013) Adepth : new representation and its implications for atomic depths of macromolecules. Nucl. Acids Res. 41 : W412-W416.

Aller sur le site web Adepth.

Adepth vous permet de :

  • 1) Calculer la profondeur de n’importe quel atome dans une structure macromoléculaire
  • 2) Fournir une extrusion (peau) d’une structure macromoléculaire
  • 3) Générer une carte de pseudo-convolution 2D, soulignant l’effet des pointes AFM sur des molécules uniques