Bepitope est un outil informatique permettant de prédire les sites antigéniques d’une protéine. Odorico M. and Pellequer J.-L. (2003) BEPITOPE : predicting the location of continuous epitopes and patterns in proteins. J. Mol. Recognit. 16 : 20-22. Une version moderne de l’outil original PREDITOP : Pellequer J-L and Westhof E (1993) PREDITOP : a program for antigenicity predictions. J. Mol. Graph. 11 : 204-210.
Un site antigénique est la région d’une protéine qui est/sera reconnue par une molécule d’anticorps.
L’objectif de Bepitope est d’identifié les sites antigéniques d’une protéine qui auront tendance à adopter la même structure 3D que dans la protéine une fois synthétiser sous forme de peptide.
Une fois la région est identifié, le peptide sera synthétisé, puis injecté à l’hôte pour produire des anticorps. Grâce au phénomène de la réaction croisée, l’anticorps reconnaissant le peptide aura la possibilité de reconnaitre la protéine parente dont le peptide est issu.
C’est un grand défi de l’ingénierie des protéines car il est rare qu’un fragment de protéine, une fois synthétisé sous forme de peptide, adopte la même structure 3D locale que celle présente dans la structure de la protéine entière. Néanmoins, il a été démontré que les peptides en solution adoptent souvent une structure en brin beta.
L’idée derrière la méthode Pellequer de Bepitope est donc d’identifier avec une grande stringence les régions en tournant beta d’une protéine augmentant ainsi les chances de réactions croisées entre un anticorps antipeptide et la protéine parente native.
La nouvelle version de Bepitope se trouve en ligne >>>>>>>>>>>>> : bepitope.ibs.fr
Un tutoriel sera bientôt mis à disposition.