Dans cette étude, nous avons combiné la topographie obtenue par microscopie à force atomique (AFM) et le pipeline AFM-Assembly pour reconstruire les structures pentamériques des noyaux Fc de l’IgM. Ces structures illustrent des orientations alternatives possibles de la liaison Cµ2-Cµ3. Il est particulièrement significatif de noter que ces conformations alternatives ont été déduites à partir des contraintes expérimentales issues des données AFM. La variabilité conformationnelle observée dans notre reconstruction pourrait résulter d’une convolution favorable entre la faible résolution de la topographie AFM (y compris l’effet de pointe) et la résolution de la reconstruction atomique au niveau Cα lors du processus d’assemblage. La vision dynamique du noyau Fc de l’IgM reconstruit, présentée dans cette étude, contraste avec les structures obtenues par cryo-microscopie électronique, qui déduisent la variabilité conformationnelle de l’absence de densités clairement définies. Ce travail offre une perspective novatrice sur la capacité de la méthode AFM-Assembly à fournir une représentation pseudo-dynamique d’arrangements moléculaires flexibles potentiels.
L’imagerie AFM et la reconstruction ont été réalisées par Harinderbir Kaur.