Plusieurs objets biologiques sont actuellement étudiés au sein de l’équipe par cryo-tomographie électronique et par cryo-FIB SEM.
Bactériophage T5 /Protéo-liposome + FhuA
L’infection d’E. coli par le bactériophage T5 est initiée par la liaison irréversible à son récepteur bactérien, le transporteur de la membrane externe FhuA. Cette interaction déclenche l’ouverture de la capside, la perforation de la paroi bactérienne et l’injection de l’ADN vers le cytoplasme de l’hôte. Lorsque cette interaction a lieu in vitro (lorsque FhuA est reconstitué en liposomes par exemple) tout l’ADN du phage est éjecté.
Initialement des séries tiltées de FhuA-Liposomes + T5 ont été collectées sur le cryo-microscope GLACIOS (Thermo Scientific) de l’IBS.
Par la suite, une nouvelle collecte a été réalisée au cryo-microscope Titan Krios G3 (EMBL Heidelberg, Allemagne) permettant la reconstruction de plus de 100 tomogrammes dans lesquels plusieurs sous-volumes correspondant à la perforation du liposome par T5 peuvent être extraits.
Extraits d’un tomogramme :
Plusieurs logiciels de reconstruction sont utilisés :
ETomo, EMAN2, Warp/M, AreTomo
Pour le "sub-tomogram averaging", plusieurs logiciels sont en cours de test :
PEET, EMAN2, RELION 4