Présentation

Responsable : Martin Weik

Les protéines sont les moteurs moléculaires de la vie. La diversité de leurs fonctions biologiques est bien reflétée par la grande variabilité de leurs caractéristiques structurales et dynamiques. Alors que notre connaissance de la structure des protéines n’a cessé de croître ces dernières décennies, notre compréhension de leur dynamique est beaucoup plus restreinte. Pourtant, seule la compréhension croisée de la « dynamique structurale », c’est-à-dire de l’interrelation entre structure et dynamique, nous permettra de comprendre la diversité des fonctions biologiques des macromolécules au sein de la cellule.

Dans le groupe DYNAMOP, deux équipes développent une large palette de méthodes expérimentales et computationnelles afin de mieux comprendre la relation structure-fonction des macromolécules biologiques, en introduisant une dimension dynamique, à la fois in vitro et dans le contexte cellulaire.

Deux équipes de recherche

 Equipe Dynamique structurale des protéines ; Chef d’équipe : Martin Weik
 Equipe SNAX ; chef d’équipe : Jacques-Philippe Colletier

Sujets de recherche

 Photophysique des protéines fluorescentes ; Microscopie super résolution : PALM/TIRF ; Dynamique des protéines photoactives
 Cristallographie ultrarésolue en temps des protéines fluorescentes par lasers X à électrons libres (XFEL).
 Modélisation de la structure et de la fonction des protéines ; Développement d’algorithme de simulation ; Simulations des mécanismes de réactions enzymatiques
 Influence de l’hydratation sur la dynamique de protéines
 Dynamique structurale de protéines d’intérêt médical solubles, membranaires ou intrinsèquement désordonnées : acétylcholinestérase, tau, porines

Mots-clés

Dynamique des protéines ; protéines fluorescentes ; photoactivation et photoblanchiment ; microscopie de fluorescence super-résolution ; microscopie TIRF, microscopie de molécules uniques ; microspectrophotométrie ; cristallographie cinétique ; dynamique structurale ; photophysique ; modélisation moléculaire ; simulations moléculaires ; mécanisme de réactions enzymatiques ; diffusion des neutrons ; acétylcholinestérase ; dynamique structurale des protéines ; maladies neurodégénératives ; protéine Tau ; médicaments anti Alzheimer ; réactivateurs des cholinestérase ; porines ; résistance aux antibiotiques ;

Techniques

 Cristallographie aux rayons X
 Cristallographie cinétique
 Lasers X à électrons libres (XFEL)
 Microspectrophotométrie
 Diffusion incohérente des neutrons
 Etudes haute pression
 Modélisation moléculaire
 Dynamique moléculaire
 Chimie quantique
 Microscopie super-résolution : PhotoActivated Localization Microscopy (PALM)
 Biologie moléculaire et cellulaire : Fluorescent protein fusion constructs

Services disponibles

• Microscopie super résolution (D. Bourgeois)

Publications

La liste des publications du groupe est disponible ici.