IBS - Institut de Biologie Structurale - Grenoble / France

Membres

NEUMANN Emmanuelle — 2022-11-22T10:32:22Z

Membres de l'équipe impliqués : Daphna Fenel, Emmanuelle Neumann, Guy Schoehn

- Congélation de grilles en conditions anaérobies

Membres

NEUMANN Emmanuelle — 2022-11-21T15:23:02Z

Membres de l'équipe impliqués : Elda Bauda, Alessio D'acapito, Leandro Estrozi, Benoit Gallet, Christine Moriscot, Emmanuelle Neumann

Membres

NEUMANN Emmanuelle — 2022-11-21T10:05:32Z

Membre de l'équipe impliqué : Leandro Estrozi

- Analyse d'images de cryo-ME

Membres

NEUMANN Emmanuelle — 2022-11-18T13:24:58Z

Membres de l'équipe impliqués : Wai-Li Ling, Dominique Housset

Présentation

NEUMANN Emmanuelle — 2022-11-17T14:01:04Z

Les différentes équipes [1] se focalisent sur :
– l'utilisation de la microscopie électronique pour déterminer les structures et comprendre les fonctions d'assemblages macromoléculaires biologiques (Equipe Schoehn).
– l'utilisation de l'AFM pour développer des techniques d'analyse en microscopie à force atomique (AFM) (Equipe Pellequer).
– l'étude des Adénovirus et leurs applications thérapeutiques (Equipe Fender).

[1] Les équipes sont localisées sur deux sites différents (bâtiment principal IBS : Schoehn/Pellequer) et CIBB (Fender)

Échantillons biologiques

NEUMANN Emmanuelle — 2022-11-10T15:51:29Z

Plusieurs objets biologiques sont actuellement étudiés au sein de l'équipe par cryo-tomographie électronique et par cryo-FIB SEM.

Bactériophage T5 /Protéo-liposome + FhuA

Bacteriophage T5 / Protéo-liposome + FhuA

Collaboration C. Breyton

E. Neumann

L'infection d'E. coli par le bactériophage T5 est initiée par la liaison irréversible à son récepteur bactérien, le transporteur de la membrane externe FhuA. Cette interaction déclenche l'ouverture de la capside, la perforation de la paroi bactérienne et l'injection de l'ADN vers le cytoplasme de l'hôte. Lorsque cette interaction a lieu in vitro (lorsque FhuA est reconstitué en liposomes par exemple) tout l'ADN du phage est éjecté.
Initialement des séries tiltées de FhuA-Liposomes + T5 ont été collectées sur le cryo-microscope GLACIOS (Thermo Scientific) de l'IBS.
Par la suite, une nouvelle collecte a été réalisée au cryo-microscope Titan Krios G3 (EMBL Heidelberg, Allemagne) permettant la reconstruction de plus de 100 tomogrammes dans lesquels plusieurs sous-volumes correspondant à la perforation du liposome par T5 peuvent être extraits.

Extraits d'un tomogramme :

Plusieurs logiciels de reconstruction sont utilisés :
ETomo, EMAN2, Warp/M, AreTomo

Pour le "sub-tomogram averaging", plusieurs logiciels sont en cours de test :
PEET, EMAN2, RELION 4

Mise à disposition des instruments

NEUMANN Emmanuelle — 2022-11-10T13:28:04Z

Sommaire

Après formation dispensée par un des membres de la plateforme, les instruments peuvent être mis à disposition et sont disponibles les jours ouvrables de 9h à 18h.

Liste des instruments disponibles

Microscopes électroniques en transmission :

FEI Tecnai12 120kV LaB6 avec 1 caméra GATAN Orius 1000 (coloration négative/ Tomographie)
FEI Tecnai F20 200kV FEG avec caméra Ceta FEI 4kx4k (cryo /cryo-tomographie), Cheetah 512x512 ASI, Windows 7
Thermo Scientific GLACIOS 200kV FEG avec caméras à détection directe d'électrons (Falcon II et Gatan K2 summit), collecte automatique EPU, Tomography TEM et SerialEM.
Instruments associés aux microscopes :
Evaporateur de carbone
Glow Discharge (dont un GloQubePlus)
FEI Vitrobot (automate de congélation)

Instruments pour la préparation d'échantillons cellulaires :

Automate de cryo-fixation sous haute pression HPM100
Automate de cryo-préparation AFS2 + FSP
Cryo-ultra-microtome UC7/FC7 et microtome UC7
Automate d'immunomarquage IGL

Accessibilité et coûts
Académiques membres du PSB, autres académiques et industriels selon tarifs.

Comment nous contacter ?

ibs-plateforme-em.contact@ibs.fr

Stockage des données
Les données seront effacées après 3 mois (conditions particulières pour les données collectées sur le GLACIOS où les données sont effacées après 15 jours).

Localisation
IBS, rez de chaussée, Groupe Microscopie Electronique et Méthodes.

Démarche qualité
La plateforme est certifiée ISO9001-NFX 50-900.

Prestations de la plateforme

NEUMANN Emmanuelle — 2022-11-10T11:30:45Z

– Contrôle qualité
Analyse d'échantillons biologiques (particules isolées, complexes protéiques, liposomes, virus, bactéries) par coloration négative.

– Cryo-microscopie électronique
Analyse d'échantillons biologiques en conditions natives (vitrification) et reconstruction 3D.

– Microscopie électronique cellulaire
Préparation et analyse de coupes ultra-fines d'échantillons cellulaires après fixation et inclusion (à température ambiante ou en condition cryo).

Membres

NEUMANN Emmanuelle — 2022-11-10T10:52:31Z

Membres de l'équipe impliqués : Grégory Effantin, Leandro Estrozi, Daphna Fenel, Wai-Li Ling, Emmanuelle Neumann, Guy Schoehn, Félix Weis, Lefteris Zarkadas

Collaborations :
IBS : Martin Blackledge, Jérôme Boisbouvier, Cécile Breyton, Wim Burmeister, Thibaut Crépin, Andrea Dessen, Pascal Fender, Franck Fieschi, Bruno Franzetti, Pauline Macheboeuf, Cécile Morlot, Yvain Nicolet, Hugues Nury, Jean-Baptiste Reiser, Rob Ruigrok, Carlo Petosa, Pascal Poignard, Winfried Weissenhorn,
Autres collaborations majeures : Aurélie Albertini (I2BC, Paris) ; Vincent Chaptal (IBCP, Lyon) ; Miriam Ferro (CEA Grenoble) ; Giovanni Finazzi (LPCV, CEA Grenoble), François Parcy (LPCV, CEA Grenoble).

Membres

NEUMANN Emmanuelle — 2022-11-10T10:44:37Z

Membres de l'équipe impliqués : Quentin Durieux , Dominique Housset, Hélène Malet, Guy Schoehn, Paco Tarillon, Lefteris Zarkadas
Membre passé : Benoît Arragain
Collaborations : Stephen Cusack (EMBL), Juan Reguera (AFMB, Marseille), Maria Rosenthal (Bernhard Nocht Institute for Tropical Medicine, Hambourg)

- Réplication et transcription du génome des bunyavirus