IBS - Institut de Biologie Structurale - Grenoble / France

Enfin, la protéine HU de Deinococcus radiodurans imagée par AFM

2020-11-03T10:06:54Z

L'équipe AFM du groupe MEM, en collaboration avec l'équipe Lésions et Réparation de l'ADN du groupe VIC, a permis d'imager pour la première fois la protéine HU de Deinococcus radiodurans par Microscopie à Force Atomique. HU est une protéine importante, voire essentielle, dans les nucléoïdes bactériens. Un nouveau traitement d'image AFM permet d'observer le positionnement de la protéine DrHU sur des plasmides natifs produit par E. coli ainsi que sur des plasmides linéarisés (image de gauche qui montre le résultat du filtre Laplacien utilisé dans ce travail). Ce travail met en avant deux fonctions majeures de DrHU dans la condensation, mais aussi la décondensation, de l'ADN double brin. La dynamique d'auto-compactage de l'ADN nu ainsi que la concentration de DrHU sont des paramètres important dans la performance cellulaire de DrHU.
Le traitement d'image ainsi que les interprétations structurales ont été faits par Wendy Chen. L'imagerie AFM a été conduite par Jean-Marie Teulon avec la participation d'Anne-Sophie Banneville sur des échantillons préparés par Anne-Sophie.

Chen SWW, Banneville AS, Teulon JM, Timmins J and Pellequer JL (2020) Nanoscale surface structures of DNA bound to Deinococcus radiodurans HU unveiled by atomic force microscopy. Nanoscale 12 : 22628-22638

Un protocole expérimental détaillé pour étudier la structure des ARN long non-codant

2020-06-03T07:45:17Z

Un protocole conjuguant les informations structurales obtenues par microcopie à force atomique et diffusion aux petits angles est apparu dans la revue Nature Protocols. A voir aussi dans les faits marquants IBS.

Uroda T, Chillon I, Annibale P, Teulon J-M, Pessey O, Karuppasamy M, Pellequer JL and Marcia M (2020) Visualizing the functional 3D shape and topography of long noncoding RNAs by single-particle atomic force microscopy and in-solution hydrodynamic techniques. Nat. Protoc. 15 : 2107-2139.

Importance de la structure tertiaire d'un lncRNA dans des processus cellulaires importants

PELLEQUER Jean-Luc — 2019-08-21T09:01:19Z

L'équipe AFM de l'IBS a déterminé par imagerie de molécules lncRNA uniques, la conformation de MEG3 dans plusieurs conditions expérimentales (natives, déstabilisantes, et dénaturantes). La figure ci-jointe fournit un échantillon de 100 molécules natives isolées de MEG3 déposées sur du mica et imagées à l'air par microscopie à force atomique (AFM) avec le mode Peak-Force. Par comparaison avec une imagerie AFM de molécules d'ARN non-structurées (poly-A) ou connues pour être structurées (intron de groupe II), les résultats démontrent la présence d'un repliement particulier pour MEG3 ce qui est en accord avec les résultats biochimiques et biophysiques de cette étude menée par Marco Marcia de l'EMBL Grenoble.
L'imagerie AFM a été réalisée par Jean-Marie Teulon avec les échantillons d'ARN de Tina Uroda. Tina a également participé à la définition du protocole de dépôt des échantillons sur mica.

Uroda T, Anastasakou E, Rossi A, Teulon J-M, Pellequer J-L, Annibale P, Pessey O, Inga A, Chillon I and Marcia M (2019) Conserved pseudoknots in lncRNA MEG3 are essential for stimulation of the p53 pathway.Mol. Cell 75 : 1-14.