IBS - Institut de Biologie Structurale - Grenoble / France

Mise à disposition des instruments

NEUMANN Emmanuelle — 2022-11-10T13:28:04Z

Sommaire

Après formation dispensée par un des membres de la plateforme, les instruments peuvent être mis à disposition et sont disponibles les jours ouvrables de 9h à 18h.

Liste des instruments disponibles

Microscopes électroniques en transmission :

FEI Tecnai12 120kV LaB6 avec 1 caméra GATAN Orius 1000 (coloration négative/ Tomographie)
FEI Tecnai F20 200kV FEG avec caméra Ceta FEI 4kx4k (cryo /cryo-tomographie), Cheetah 512x512 ASI, Windows 7
Thermo Scientific GLACIOS 200kV FEG avec caméras à détection directe d'électrons (Falcon II et Gatan K2 summit), collecte automatique EPU, Tomography TEM et SerialEM.
Instruments associés aux microscopes :
Evaporateur de carbone
Glow Discharge (dont un GloQubePlus)
FEI Vitrobot (automate de congélation)

Instruments pour la préparation d'échantillons cellulaires :

Automate de cryo-fixation sous haute pression HPM100
Automate de cryo-préparation AFS2 + FSP
Cryo-ultra-microtome UC7/FC7 et microtome UC7
Automate d'immunomarquage IGL

Accessibilité et coûts
Académiques membres du PSB, autres académiques et industriels selon tarifs.

Comment nous contacter ?

ibs-plateforme-em.contact@ibs.fr

Stockage des données
Les données seront effacées après 3 mois (conditions particulières pour les données collectées sur le GLACIOS où les données sont effacées après 15 jours).

Localisation
IBS, rez de chaussée, Groupe Microscopie Electronique et Méthodes.

Démarche qualité
La plateforme est certifiée ISO9001-NFX 50-900.

Prestations de la plateforme

NEUMANN Emmanuelle — 2022-11-10T11:30:45Z

– Contrôle qualité
Analyse d'échantillons biologiques (particules isolées, complexes protéiques, liposomes, virus, bactéries) par coloration négative.

– Cryo-microscopie électronique
Analyse d'échantillons biologiques en conditions natives (vitrification) et reconstruction 3D.

– Microscopie électronique cellulaire
Préparation et analyse de coupes ultra-fines d'échantillons cellulaires après fixation et inclusion (à température ambiante ou en condition cryo).

Présentation de la plateforme

NEUMANN Emmanuelle — 2017-09-13T09:33:50Z

Sommaire

La microscopie électronique en biologie structurale

La coloration négative
Cette technique, simple et rapide, permet la visualisation directe de protéines à partir d'une certaine taille (50-100 kDa). L'enrobage de ces protéines avec un sel d'atomes lourds génère des images avec un contraste élevé. Même si ces images ne fournissent que des informations structurales de surface de l'objet, la technique de coloration négative reste incontournable pour effectuer des vérifications sur l'état d'un échantillon avant son observation en cryo-microscopie électronique. Cette technique permet également de contrôler la qualité (homogénéité) d'un échantillon en vue de sa cristallisation.

La cryo-microscopie électronique et l'analyse d'images
Cette technique permet de s'affranchir de la présence de colorant ou de fixateur chimique, respectant ainsi mieux la structure de l'objet. Plus lourde à mettre en oeuvre que la technique de coloration négative, elle consiste à congeler très rapidement dans de l'éthane liquide des échantillons hydratés de façon à les figer dans une glace amorphe (vitrification). Contrairement à la coloration négative, cette méthode n'utilise aucun additif ce qui préserve l'état natif de l'échantillon tout en permettant d'accéder à sa structure interne.
Les images obtenues sont des projections de toute l'épaisseur de l'échantillon mais possèdent un contraste faible : l'analyse d'images est alors indispensable. Le principe général consiste dans un premier temps à additionner des images de faible contraste afin d'additionner le signal et de moyenner le bruit présent. On obtient ainsi un meilleur rapport signal sur bruit. Dans un deuxième temps, ces moyennes qui représentent des vues de l'échantillon sous différents angles peuvent être combinées de manière mathématique pour calculer la structure tridimensionnelle de l'objet de départ.
L'objectif est d'identifier les interactions moléculaires présentes au sein de ces complexes ainsi que leurs implications biologiques.

La microscopie électronique à l'IBS

La plateforme propose trois types de prestations :

– Contrôle qualité (coloration négative)
– Cryo-microscopie électronique
Analyse d'échantillons biologiques en conditions natives (vitrification) ; analyse morphologique et/ou reconstruction 3D.
– Microscopie électronique cellulaire

– La plateforme propose également la mise à disposition de ses équipements suivant certaines conditions.

– Des collaborations scientifiques peuvent être mises en place pour répondre à des demandes précises nécessitant des développements spécifiques ou une expertise pointue.

Effectif dédié

Daphna Fenel ; Benoit Gallet ; Christine Moriscot ; Emmanuelle Neumann ; Guy Schoehn ; Lefteris Zarkadas

Equipements
Voir la rubrique : Instruments du groupe.

Suivi valorisation
Si vous utilisez des résultats (dans le cadre de l'utilisation de la plateforme ou d'une collaboration) merci de spécifier dans vos remerciements :

« This work used the EM facilities at the Grenoble Instruct-ERIC Center (ISBG ; UMS 3518 CNRS CEA-UGA-EMBL) with support from the French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI ; ANR-10-INSB-05-02) and GRAL, a project of the University Grenoble Alpes graduate school (Ecoles Universitaires de Recherche) CBH-EUR-GS (ANR-17-EURE-0003) within the Grenoble Partnership for Structural Biology. The IBS Electron Microscope facility is supported by the Auvergne Rhône-Alpes Region, the Fonds Feder, the Fondation pour la Recherche Médicale and GIS-IBiSA. »

Accessibilité et coûts
Académiques membres du PSB, autres académiques et industriels selon tarifs.

Comment nous contacter ?

ibs-plateforme-em.contact@ibs.fr

Localisation
IBS, rez de chaussée et premier étage, Groupe Microscopie Electronique et Méthodes.

Démarche qualité
La plateforme est certifiée ISO9001-NFX 50-900.

Instruments pour la préparation d'échantillons cellulaires

Benoit Gallet — 2012-08-01T11:08:03Z

Sommaire

Automate de cryo-fixation sous haute pression

Application : Permet de cryo-fixer des échantillons biologiques par congélation sous haute pression (2000 Bars).

Modèle : Leica EM-HPM100

Automate de cryo-préparation

Application : Permet de réaliser les étapes de cryo-substitution ou de diminution progressive de température (PLT), notamment de manière automatisée grâce au robot FSP.

Modèle : Leica EM-AFS2 + EM-FSP

Cryo-ultra-microtome et Ultra-microtome

Application : Permet de réaliser des coupes ultrafines de matériel biologique inclus dans une résine ou en condition cryo.

Modèles : Leica EM-UC7 + EM-FC7 et EM-UC7

Automate d'immuno-marquage

Application : Permet de réaliser des immunomarquages ainsi que les étapes de coloration, sur grilles de nickel (particules isolées et coupes en résine ou Tokuyasu).

Modèle : Leica EM-IGL

Tarification de la plateforme

NEUMANN Emmanuelle — 2012-07-31T13:53:29Z

Pour toute question concernant la tarification de la plateforme, merci de nous contacter.

- Conditions générales

Equipements associés aux microscopes

2010-10-27T13:46:04Z

Sommaire

Evaporateur de carbone

Application : Permet de déposer un film de carbone homogène à la surface d'une feuille de mica, ou sur une grille formvar.

Modèle : Safematic CCU-010

Evaporateur Safematic CCU-010

Glow discharge

Application : Permet de rendre la surface de la grille hydrophile en chargeant le carbone de la grille négativement ou hydrophobe en chargeant le carbone de la grille positivement.

Modèle : Emitech K100X

Emitech K100X

Modèle : Quorum GloQubePlus

Quorum GloQube

Automate de congélation

Application : Permet de congeler les échantillons pour la cryo-microscopie électronique.

Modèle : FEI Vitrobot MARK IV

FEI Vitrobot MARK IV

Microscope GLACIOS (Thermo Scientific)

2010-10-27T13:45:53Z

Glacios microscope

Spécificités :
– Tension 200 kV
– Canon à émission de champ (FEG)

Accessoires :
– Caméras à détection directe d'électrons Falcon II et Gatan K2 summit
– Caméra CMOS CETA
– Logiciel de collecte automatique : EPU, SerialEM
– Logiciel Tomographie : Tomography TEM

En Décembre 2018, l'IBS a acquis un nouveau cryo-microscope électronique à transmission GLACIOS haute résolution. Ce microscope a été financé par l'intermédiaire de plusieurs instances : le CEA, le CNRS, l'ESRF et FRISBI.

Ce microscope est un cryo-microscope électronique à transmission avec un canon à émission de champ de 200 kV (FEG), qui permet l'imagerie des protéines dans leur état natif. Le microscope est équipé d'un système de chargement des grilles "AutoLoader". L'AutoLoader est un dispositif monté sur la colonne en face du CompuStage, permettant de transférer des échantillons automatiquement dans la colonne du microscope sur le CompuStage, et de les en ressortir. En plaçant un NanoCab contenant des cassettes sur l'AutoLoader, les cassettes peuvent être transférées dans l'AutoLoader. Une cassette peut contenir de une à douze cartouches, et chaque cartouche contient un échantillon. Ces cartouches peuvent être transférées automatiquement de la cassette au CompuStage et inversement.

Pour collecter des données à haute résolution, le microscope est équipé de deux caméras à détection directe d'électrons (Falcon II et K2), permettant d'atteindre une résolution quasi-atomique, voire atomique dans certains cas.

En plus de l'imagerie haute résolution des échantillons biologiques, le GLACIOS est également capable de faire de la tomographie électronique simple tilt avec les options suivantes pour l'imagerie :
– Caméras Falcon II et Gatan K2 summit (détection directe d'électrons)
– Logiciels : Tomography TEM, SerialEM

Le microscope GLACIOS est ouvert aux utilisateurs académiques du PBS, académiques hors PSB et industriels (nationaux et internationaux) après l'approbation de leurs projets scientifiques. Les microscopistes expérimentés ont la priorité, mais d'autres projets peuvent être menés à bien dans le cadre de collaboration.
Dans tous les cas, si vous souhaitez utiliser ou avoir accès au microscope GLACIOS ou à d'autres instruments de la plateforme de microscopie électronique, envoyez un courriel à ibs-plateforme-em.contact@ibs.fr

Microscope Tecnai F20 (FEI)

2010-10-27T13:29:45Z

FEI Tecnai TF20 200kV FEG

Microscope dédié à la cryo-microscope électronique (détermination de structure d'objets biologiques) et à la cryo-tomographie électronique.
Spécificités :
– Tension 80-200 kV
– Canon à émission de champ (FEG)
– Windows 7

Accessoires :
– Caméra 4kx 4k Ceta FEI
– Détecteur Cheetah (Amsterdam Scientific Instruments)
– Plusieurs portes-objets : 1 simple tilt, 1 FISCHIONE 2020 tomography holder, 2 porte-objets cryo GATAN 626 et 1 porte-objet cryo-tomographie GATAN 914

Microscope Tecnai 12 (FEI)

NEUMANN Emmanuelle — 2010-10-27T13:23:08Z

Tecnai12 120 kV

Microscope dédié à la coloration négative et au contrôle qualité. Possibilité de faire de la tomographie (température ambiante).
Spécificités :
– Tension : 80-120 kV
– Filament : LaB6

Accessoires :
– Caméra GATAN Orius 1000
– Plusieurs portes-objets : 1 simple tilt, 1 FISCHIONE 2020 tomography holder, 1 porte-objet rotation