Présentation de flexible-meccano
flexible-meccano a été crée pour générer des ensembles moléculaires dont les caractéristiques biophysiques sont en accord avec l’ensemble des données mesurables par Résonance Magnétique Nucléaire (NMR) et par Diffusion des rayons X aux petits angles (SAXS). Ce logiciel construit peptide par peptide un ensemble de protéines avec pour seule entrée la séquence de cette dernière. Il utilise alors une base de donnée d’angles φ/ψ extraite de structures cristallographiques a hautes résolutions ou on etait uniquement conservés les acides aminés ne contenant pas de structure secondaire. On calcule alors sur chaque conformère la valeur de paramètres RMN et SAXS qui sont alors moyennés sur l’ensemble. D’autre part, un modèle de répulsion stérique est introduit pour chaque acide aminé afin de reproduire les forces de répulsion entre atomes. La simplicité du modèle de flexible meccano permet la creation d’un ensemble de 100 000 structures en quelques minutes (environ 30 minutes pour une protéine de 100 acides aminés en utilisant une seule CPU). Le programme a été amélioré et integré dans une interface graphique JAVA afin d’inclure les parametres RMN suivant :
- Les couplages dipolaires résiduels
- La relaxation paramagnétique
- Les couplages J
Documentation
Le programme est distribué avec differents exemples, scripts et protocoles et une documentation d’installation et d’utilisation est inclue.
Il a été compilé sur les plateformes suivantes :
- PC Linux running Redhat
Contact : flexible-meccano at ibs.fr
La licence est gratuite pour les sites académiques et pour une utilisation non commerciale.
References
Tout resultat obtenu demandant l’utilisation du logiciel flexible-meccano devra être référencée de la manière suivante :
Flexible-meccano : a tool for the generation of explicit ensemble descriptions of intrinsically disordered proteins and their associated experimental observables , Valery Ozenne ; Frederic Bauer ; Loic Salmon ; Jie-rong Huang ; Malene Ringkjobing Jensen ; Stephane Segard ; Pau Bernado ; Celine Charavay ; Martin Blackledge, Bioinformatics 2012 28 : 1463-1470
Telechargement
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– version PC :
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