Calcul de la structure à l’aide de contraintes à longue portée, paramagnétiques, tensorielles et orientationnelles
Présentation
Nous présentons une nouvelle suite de programmes, comprenant des représentations fonctionnelles des contraintes structurales à longue portée en forme de potentiels hybrides explicites, inclus dans une fonction d’énergie totale d’un programme de dynamique et modélisation moléculaire :
– Couplages dipolaires résiduels
– Déplacement chimique résiduel
– Couplages dipolaires résiduels paramagnétiques
– Déplacement chimique paramagnétiques
– Relaxation croisée Curie-dipole
– R2/R1 Relaxation
Sculptor a été écrit explicitement pour permettre une flexibilité maximale dans le développement des algorithmes de recherche conformationnelle par contraintes structurales à longue portée. Beaucoup de ces interactions dépendent des tenseurs de rang deux (tenseurs d’alignements, de susceptibilité magnétique ou de diffusion rotationnelle), et une attention particulière est accordée au traitement de ce type de tenseurs dans ce programme.
Le programme était écrit originalement en interface avec le programme Discover, et il a été ensuite entièrement réécrit, et mis à jour pour inclure les derniers développements. Il est ici inclus dans le programme CNS version 1.2, et SculptorCNS est distribué gratuitement pour les utilisateurs académiques.
Le programme est livré avec des exemples de protocoles et de données, et il est entièrement documenté.
L’utilisation du programme doit être référencée comme suit :
SculptorCNS : Biomolecular Structure Determination and Refinement in Solution from NMR Residual Dipolar Couplings, Paramagnetic Phenomena and Spin Relaxation Data. Céline Charavay, Jean-Paul Eynard, Jean-Christophe Hus, Guillaume Bouvignies and Martin Blackledge. In Preparation (2008)
Contact : SculptorCNS at ibs.fr
Documentation
Vous pouvez décharger la documentation complête de ce programme ici.
CNIL
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